Принято считать, что храм, сложенный из дикого камня, возведен в XIV веке, но не исключено, что гораздо раньше. Он несколько раз перестраивался, к квадратному в начале зданию со стороны главного входа позднее примкнула вместительная пристройка. Внутри она разделена столбами, перекрытыми сводами с арками. Венчает храм купол на восьмигранном барабане с узкими окнами.
Внутри сохранились древние изображения из камня: лик Господа под куполом, в алтаре – Спаситель, его окружают двенадцать апостолов, по шесть с каждой стороны; слева и справа от алтаря фигуры Иоанна Крестителя и Николая Чудотворца. Вход в купольный зал обрамляет арка, украшенная ажурной каменной резьбой.
В прошлом стены храма были расписаны фресками, фрагменты которых еще можно было видеть в начале ХХ века. К сожалению, до наших дней они не сохранились.
Существует предание, что русский купец Афанасий Никитин, возвращаясь через средневековую Кафу из далекой Индии на родину, в Тверь, служил в Иверском храме благодарственный молебен о своем возвращении. Здесь, в Кафе, знаменитый путешественник прожил зиму 1474-1475 гг., обработал свои путевые записи и дал им название: «Хожение за три моря».
Иверский храм за долгую историю своего существования имел разные названия, одно из них – храм Иоанна Предтечи – встречается в литературе и сейчас. Название Иверской иконы Божией Матери появляется с 1858 года, когда священник Николай Трегубов с помощью благотворителей восстановил и заново освятил церковь.
Службы здесь совершались до середины 20-х годов, затем храм был закрыт и использовался под склад. В 90-е гг. его здание восстановили, провели реставрационные и дренажные работы. С 1995 г. здесь проводятся регулярные богослужения, двери храма открыты каждый день для всех желающих. Среди святынь храма есть старинная Касперовская икона Божией Матери, которая обновилась в июле 2003 г.
В летнее время каждый день от Иверского храма проводится экскурсия, благодаря которой каждый желающий имеет возможность услышать об истории древних православных храмов Феодосийского Карантина, посмотреть на византийские фрески средневекового храма св. Димитрия, прикоснуться к прохладным каменным стенам, хранящим в себе отзвуки давнего и славного прошлого.